Pogoń Szczecin, czołowy klub sportowy w Zachodniopomorskiem, został założony 21 kwietnia 1948 roku jako Sztorm Szczecin, w skład którego wchodziły sekcje bokserska Zryw oraz piłkarska Portowiec. Klub otrzymywał wsparcie finansowe od Okręgowego Związku Transportowców w Szczecinie, a swoją przygodę z ligą zaczynał od serie C. W 1949 roku Sztorm przekształcił się w Związkowiec Szczecin, a w 1950 roku w KS Kolejarz.

Obecna nazwa oraz granatowo-bordowe barwy (wcześniej niebiesko-czerwone) nawiązują do przedwojennej Pogoni Lwów, czterokrotnego mistrza Polski. Nazwę klubu wybrano dzięki zaangażowaniu grupy bokserskiej, wśród której byli zawodnicy z Lwowa.

W latach 50. klub przeniósł się na stadion przy ul. Twardowskiego, gdzie do dziś rozgrywa swoje mecze. Historycznym momentem było zwycięstwo 3:2 nad II-ligowymi Budowlanymi Gdańsk 26 listopada 1950 roku, gdy Pogoń grała jeszcze w A klasie. Debiut pod nazwą Pogoń Szczecin miał miejsce 31 października 1955 roku na stadionie przy ul. Twardowskiego, gdzie przegrali 2:4 z Kolejarzem Poznań przed 11 tysiącami kibiców.

W sezonie 1958, rozgrywanym w systemie wiosna-jesień, Pogoń awansowała do najwyższej klasy rozgrywkowej. To wydarzenie miało miejsce 19 października, kiedy drużyna zremisowała 3:3 ze Śląskiem Wrocław, mimo że do 67. minuty przegrywała 0:3. Punkt zdobyty w tym meczu wystarczył, aby podopieczni trenera Floriana Krygiera awansowali. Na trybunach stadionu, który później otrzymał imię trenera, zasiadło około 25 tysięcy kibiców.

W kolejnych latach klub przechodził przez okresy sukcesów i porażek, wahając się między najwyższą a drugą ligą. W 1962 roku Marian Kielec, legendarny piłkarz Pogoni, został królem strzelców, zdobywając 18 goli. W sezonie 1970/71 drużyna była bliska zdobycia medalu, ale przegrała z Zagłębiem Wałbrzych z powodu gorszego bilansu bramkowego. W latach 80. Pogoń osiągnęła swoje największe sukcesy, zdobywając najwięcej medali w historii klubu. W 1980/81 po raz pierwszy awansowali do finału Pucharu Polski, a w sezonie 1983/84 zajęli trzecie miejsce w lidze. W 1986/87 pod wodzą Leszka Jezierskiego zdobyli wicemistrzostwo Polski, a Marek Leśniak został królem strzelców.

Dzięki sukcesom z lat 80. Pogoń zadebiutowała w europejskich pucharach. W sezonie 1984/85 Portowcy zmierzyli się z FC Koeln, a w 1987/88 z Hellas Werona. W latach 90. Pogoń utrzymywała się w najwyższej klasie rozgrywkowej, ale nie osiągnęła sukcesów z lat 80. W sezonie 1995/96 klub zajął piąte miejsce w tabeli.

Na początku XXI wieku Pogoń zdobyła drugi srebrny medal w sezonie 2000/01, dając sobie szansę na udział w Pucharze UEFA. Po spadku w 2002/03, wrócili do ligi w 2007/08 i osiągnęli finał Pucharu Polski. W sezonie 2012/13 wrócili do ekstraklasy, a Marcin Robak został królem strzelców w sezonie 2013/14.

W sezonie 2020/21 Pogoń zajęła trzecie miejsce w lidze, co umożliwiło im udział w europejskich pucharach. Pokonali NK Osijek w kwalifikacjach do Ligi Konferencji Europy, ale odpadli w trzeciej rundzie z Brondby IF. Sezon 2022/23 zakończyli na czwartym miejscu, ponownie kwalifikując się do Ligi Konferencji Europy, gdzie pokonali Linfield FC, ale przegrali z KAA Gent. Sezon 2023/24 Pogoń Szczecin ukończyła na 4. miejscu w tabeli. Zespół dotarł również do finału Pucharu Polski, w którym uległ sensacyjnie Wiśle Kraków, grającej na poziomie Betlic 1. Ligi.