Miejski Klub Sportowy Puszcza został założony w 1923 roku, jednak dopiero od sezonu 2023/2024 drużyna ta gra w ekstraklasie. Na początku nazywała się Klub Sportowy "Niepołomianka" i została utworzona dzięki inicjatywie burmistrza Andrzeja Wimera oraz Stanisława Ziemby, Władysława Iwańskiego, Stanisława Brudnika i Adolfa Engla. Pierwszym prezesem był Władysław Iwański, a w zarządzie byli również Stanisław Brudnik jako skarbnik i Stanisław Ziemba jako kierownik drużyny.

Wkrótce potem powstał drugi klub w mieście, Żydowski Klub Sportowy "Puszcza", założony przez lokalną społeczność żydowską. Klub ten zakończył swoją działalność już w 1926 roku. Obie drużyny rozegrały oficjalny mecz, który odbył się latem 1923 roku, a zwyciężyła drużyna Puszczy wynikiem 6:1.

Pod koniec 1923 roku Klub Sportowy "Niepołomianka" zorganizował bal sylwestrowy, którego dochód został przeznaczony na zakup sprzętu sportowego. Wtedy też zdecydowano się na zakup białych kostiumów z niebieskimi kołnierzykami i mankietami.

Wiosną 1926 roku Żydowski Klub Sportowy "Puszcza" przestał istnieć, a następnie doszło do fuzji Puszczy i Niepołomianki. Powstał nowy klub o nazwie Amatorski Klub Sportowy Niepołomice, który działał do 1930 roku. Inicjatorem fuzji był prawdopodobnie J. Szubert, a Stanisław Brudnik pełnił funkcję prezesa przez cały ten okres.

W 1930 roku, pod wpływem Henryka Liechtensteina, klub nawiązał ścisłą współpracę ze Związkiem Strzeleckim. Klub zmienił nazwę na Klub Sportowy "Strzelec" Niepołomice i oficjalnie dołączył do Polskiego Związku Piłki Nożnej. Zaczęła się uczestniczyć w rozgrywkach o mistrzostwo klasy "C". W 1931 roku drużyna była bliska awansu do klasy "B", ale przegrała ostatni mecz sezonu z KS Wieliczanka 1:3. Przed wybuchem wojny nie udało się zespołowi z Niepołomic awansować do klasy "B".

Po wyzwoleniu Niepołomic spod okupacji niemieckiej w 1945 roku rozpoczęto odbudowę miasta i klubu. W 1948 roku Witold Ekiert został prezesem klubu. Wraz z nowym prezesem klub zmienił nazwę na LZS Puszcza, we współpracy z Związkiem Samopomocy Chłopskiej. Ta nazwa przetrwała przez wiele lat, aż do połowy lat 90. Zmiana nazwy była związana z wprowadzeniem żółto-zielonych barw strojów.

Relatywnie niedawno zmieniono statut klubu, a Puszcza stała się Miejskim Klubem Sportowym "Puszcza" Niepołomice, będącym pod patronatem Urzędu Miasta i Gminy. Ta nazwa jest obecnie używana.

W 2010 roku drużyna awansowała do II ligi. W sezonie 2011/2012 zajęła 3. miejsce w II lidze i dotarła do 1/16 finału Pucharu Polski. W sezonie 2012/2013, po remisie 1:1 z Concordią Elbląg, zdobyła historyczny awans do I ligi, który przypadł na 90. rocznicę istnienia klubu. W lipcu 2021 roku zarządzanie Puszczą przejęła spółka Niepołomicki Sport.

W sezonie 2022/2023 Puszcza zajęła 5. miejsce w I lidze, co zakwalifikowało ją do baraży o awans do ekstraklasy. W półfinale 6 czerwca 2023 roku drużyna zwyciężyła Wisłę Kraków 4:1, a w finale baraży 11 czerwca 2023 roku wygrała 3:2 po dogrywce z Bruk-Bet Termaliką Nieciecza. Dzięki temu po raz pierwszy w historii klubu awansowała do ekstraklasy, co przypadło na 100. rocznicę istnienia klubu.

Puszcza Niepołomice

• Rok założenia: 1923
• Barwy: żółto-biało-zielone
• Siedziba: ul. Kusocińskiego 2, 32-005 Niepołomice
• Stadion: Stadion Miejski (2 188 miejsc siedzących)
• Pojemność sektora gości: 192 miejsca
• Prezes: Marek Bartoszek
• Trener: Tomasz Tułacz
• WWW: MKS Puszcza Niepołomice (puszcza-niepolomice.pl)

Sukcesy

• awans do Ekstraklasy - 2022/2023
• 1/4 finału Pucharu Polski - (trzykrotnie) - 2016/2017, 2018/2019, 2020/2021

Kadra pierwszej drużyny

• bramkarze: Kewin Komar, Krzysztof Wróblewski, Oliwier Zych.
• obrońcy: Jakub Bartosz, Artur Crăciun, Filip Gil, Roman Jakuba, Michał Koj, Ioan-Călin Revenco, Łukasz Sołowiej, Konrad Stępień, Tomasz Wojcinowicz.
• pomocnicy: Mateusz Cholewiak, Wojciech Hajda, Lee Jin-hyun, Piotr Mroziński, Igor Pieprzyca, Bartłomiej Poczobut, Jakub Serafin, Jakub Stec, Thiago
  Hubert Tomalski, Michał Walski, Kamil Zapolnik.
• napastnicy: Maciej Firlej, Rok Kidrič, Jordan Majchrzak, Artur Siemaszko.

Kibice

• Zgody: Garbarnia Kraków.
• Układy: brak.
• Kosy: brak.