Juan Muñoz dołączył do Zagłębia Lubin przed sezonem 2023/2024, przenosząc się z CD Leganes. Początkowy okres jego pobytu w Lubinie był dość trudny, ponieważ zmagał się z kontuzją podczas przygotowań, ale później, gdy pojawiał się na boisku, robił dobre wrażenie. Niestety, napastnik otrzymywał od Waldemara Fornalika niewiele szans na grę, przez co nie czuł się dobrze w Lubinie i rozważał zmianę klubu.
W sumie, hiszpański napastnik wystąpił w 27 meczach dla Zagłębia, strzelając 5 goli.
28-letni zawodnik przeszedł do UD Leiria, która zajęła 12. miejsce w tabeli portugalskiej II ligi. W tym klubie gra także znany z polskich boisk bramkarz Paweł Kieszek.