Kowalczyk jest wychowankiem drużyny Salos Szczecin. Jako dziecko trafił do akademii Pogoni, gdzie przechodził przez wszystkie szczeble aż do pierwszego zespołu. Zadebiutował w rozgrywkach ekstraklasy 1 kwietnia 2017, w wyjazdowym meczu z Legią Warszawa, gdy wszedł na plac gry za Spasa Deleva. W pierwszej drużynie Pogoni Szczecin rozegrał 186 meczów, w których zdobył 19 goli i zaliczył 21 asyst.
W sierpniu 2023 roku podpisał kontrakt z Houston Dynamo z MLS. W drużynie z Teksasu zagrał w 86 spotkaniach, strzelił 7 bramek i zaliczył 3 asysty. Po dwuletniej przygodzie Kowalczyk rozstał się z Houston Dynamo i od 1 stycznia był wolnym zawodnikiem. Plotkowano o jego powrocie do Pogoni Szczecin, ale nowi właściciele tego klubu nie byli zainteresowani takim scenariuszem, stąd też Kowalczyk musiał szukać innych rozwiązań.
Jak poinformował Frank Dzieniecki z TVP Sport, 27-letni pomocnik przebywa już z Zagłębiem na obozie w Turcji i niebawem powinien parafować kontrakt z dwukrotnym mistrzem Polski.

